2000年毕业于山东轻工业学院发酵工程专业，2003与2007年于山东大学微生物系分别获得发酵工程硕士和微生物学博士学位。

2008年至2014年先后在中国科学院微生物研究所、德国赫姆霍茨基金会传染病研究中心（原德国国家生物工程中心）、德国汉堡工业大学进行博士后研究工作。

李金山，长期从事工业生物技术、微生物代谢调控及系统生物学等方面的研究。参与和主持多项国家及省部级课题。