生物医药

1. 炎症信号与重要感染及非感染性疾病的互作机制研究
2. 疫苗、基因/细胞治疗等药物的原创性设计与智能生物制造

在细菌感染与炎症小体信号互作机制研究方面：1) 解析了LPS激活Caspase-11切割通道蛋白Pannexin-1介导焦亡的分子机制,并鉴定了斑马鱼胞质LPS识别受体；2) 阐明E. piscicida利用效应物EvpP、Trx以及溶血素等调控炎症小体信号通路的分子机制。

在非经典细胞焦亡介导的疾病机制研究方面：1) 在水螅模型中鉴定了祖先焦亡信号通路，发现gasdermine还介导了非经典细胞焦亡信号，并调控组织再生过程；2) 在红细胞中鉴定了由NLRP3-caspase8-血影蛋白介导的非经典细胞焦亡，并阐明其与溶血性疾病的关系；3) 发现Gasdermin蛋白活化引发神经胶质细胞发生非经典细胞焦亡，并介导神经元毒性及认知功能障碍。

在疫苗设计与开发方面，1) 针对重要动物病原，开展保护性抗原筛选、抗原表位设计、抗原构象研究，实现亚单位疫苗及核酸疫苗的理性分子设计；2) 针对亚单位及核酸疫苗，开展佐剂及递送系统研究，并建立多参数评价体系。

在基因/细胞治疗产品开发方面，1) 针对原创性的疾病靶点，以干扰核酸、体内基因编辑、免疫细胞、干细胞等形式开创新药物设计与开发；2) 针对AVV、干细胞、类器官等生物医药新兴制造领域，探索建立基于AI模型的智能生物制造技术体系。

1.  Shouwen Chen, Shuxin Li, Yuxin Gong, Hao Chen, Dahai Yang, Yuanxing Zhang, Qin Liu*. Caspase-mediated LPS sensing and pyroptosis signaling in Hydra. Science Advances 2023, 9: eadh4054.
2.  Zhenhe Xu, Zihan Ding, Lijia Shi, Yuzhen Xie, Yuanxing Zhang, Zhuang Wang*, Qin Liu*. Coevolution between marine Aeromonas and phages reveals temporal trade-off patterns of phage resistance and host population fitness. The ISME Journal 2023, 17: 2200~2209.
3.  Weijie Chen, Jianchang Huang, Wei Wang, Ying Wang,Hao Chen, Qiyao Wang, Yuanxing Zhang, Qin Liu*, Dahai Yang*. Multi-tissue ScRNA-Seq reveals immune cell landscape in turbot (Scophthalmus maximus). Fundamental Research 2022, 2: 550~561.
4.  Dahai Yang, Xiaohong Liu, Wenting Xu, Zhaoyan Gu, Cuiting Yang, Lingzhi Zhang, Jinchao Tan, Xin Zheng, Zhuang Wang, Shu Quan, Yuanxing Zhang, Qin Liu*. The Edwardsiella piscicida thioredoxin-like protein inhibits ASK1-MAPKs signaling cascades to e pathogenesis during infection. PLoS Pathogens 2019, 15: e1007917
5.  Shouwen Chen, Dahai Yang, Ying Wen, Zhiwei Jiang, Lingzhi Zhang, Jiatiao Jiang, Yaozhen Chen, Tianjian Hu, Qiyao Wang, Yuanxing Zhang, Qin Liu*. Dysregulated hemolysin liberates bacterial outer membrane vesicles for cytosolic lipopolysaccharide sensing. PLoS Pathogens 2018, 14: e1007240.
6.  Dahai Yang, Xin Zheng, Shouwen Chen, Zhuang Wang, Wenting Xu, Jinchao Tan, Tianjian Hu, Mingyu Hou, Wenhui Wang, Zhaoyan Gu, Qiyao Wang, Ruilin Zhang, Yuanxing Zhang, Qin Liu*. Innate sensing of cytosolic LPS through Caspy2 pyrin domain mediates non-canonical inflammasome activation in zebrafish. Nature Communications 2018, 9:3052.
7.  Hao Chen, Dahai Yang, Fajun Han, Jinchao Tan, Lingzhi Zhang, Jingfan Xiao, Yuanxing Zhang, Qin Liu*. The bacterial T6SS effector EvpP prevents NLRP3 inflammasome activation by inhibiting the Ca2+-dependent MAPK-Jnk pathway. Cell Host Microbe 2017, 21: 47-58.
8.  Dahai Yan#, Yuan He, Raul Muñoz-Planillo, Qin Liu*, Gabriel Núñez*. Caspase-11 requires the pannexin-1 channel and the purinergic P2X7 pore to mediate pyroptosis and endotoxic shock. Immunity 2015 43: 923-932.

1. 国家自然基金委杰出青年基金项目，水产病原细菌致病机制及鱼类感染免疫学研究，在研，主持；
2. 国家重点研发计划项目，深海养殖动物免疫制品研制与应用，在研，主持；
3. 上海市农业科技创新项目，水产病毒核酸疫苗创新研究与应用实践，在研，主持；
4. 国家海洋经济创新发展示范专项项目，海洋动物疫苗开发应用及产业链协同建设，结题，主持；
5. 国家重点研发计划项目，高端农用海洋生物免疫制品开发，结题，主持；
6. 国家自然科学基金委优秀青年基金项目，水产病原致病机制研究及疫苗研制，结题，主持；
7. 国家自然科学基金面上项目，迟钝爱德华氏菌T6SS参与抑制宿主炎症小体活化的机制研究，结题，主持；
8. 国家863项目，迟钝爱德华氏菌活疫苗的应用研究与产业化开发，结题，主持；
9. 国家自然科学基金面上项目，穿膜肽引导外源蛋白在APC细胞中的加工递呈机制及其在新型细菌载体疫苗设计中的应用，结题，主持；
10. 教育部新世纪人才计划，基于斑马鱼模型的鱼类疫苗免疫效力评价的分子指标，结题，主持；
11. 国家自然科学基金国际合作项目，在减毒活细菌中开发体内诱导型的细菌菌蜕系统作为新颖的细菌疫苗开发平台，结题，主持；
12. 上海市启明星计划项目，迟钝爱德华氏菌群体感应系统调控下的胞内寄生机制及毒力相关性研究，结题，主持；
13. 国家自然科学基金青年项目，利用细菌表面展示技术在鳗弧菌减毒株中定位表达虹彩病毒抗原蛋白的研究，结题，主持；
14. 国家863计划项目，鱼类疫苗导入系统研究及多效价载价疫苗开发，结题，主持。