1999年毕业于中国科学院昆明植物研究所，获理学博士学位，并先后于日本东邦大学和德国康斯坦茨大学从事博士后和访问研究。

2000年11月至2021年7月，复旦大学药学院，副教授、二级教授、博士生导师。2007年6月至2017年6月，复旦大学药学院副院长。
2021年8月至今，上海交通大学药学院，长聘教授、博士生导师。

侯爱君，博士，长聘教授，博士生导师。国家优秀青年科学基金获得者，上海曙光学者，教育部新世纪优秀人才。曾获上海市教学成果二等奖3项、三等奖1项，复旦大学教学成果一等奖2项，上海高校优秀青年教师荣誉称号，复旦大学上海医学院优秀教师奖。

聚焦于重要类型天然产物的发现、结构与功能研究，进而开展新药研究与开发。从多种药用植物中发现了系列新骨架/新环系的天然产物，多个新颖结构入选Natural Product Reports重要研究进展，受到有机化学家关注并被全合成；发现了具有抗肿瘤、抗代谢性疾病、保护器官损伤等功能的活性分子；对活性显著的化合物开展全合成，解决了其资源问题；发现的2个候选药物进入临床前研究。

主持国家自然科学基金、国家“重大新药创制”科技重大专项候选药物、上海曙光计划、上海市科委重点科技攻关等国家及省部级研究课题多项；获授权专利10余项；以通讯或第一作者在SCI期刊上发表论文70篇。